En 2015, durante las investigaciones y procesos judiciales vinculados al Fondo Indígena, se denunció que técnicos involucrados en la gestión de proyectos se quedaban con hasta el 10% de los recursos, según los antecedentes expuestos en ese periodo por autoridades y fiscales a cargo del caso. Estas revelaciones formaron parte de uno de los mayores escándalos de presunta corrupción en programas destinados al desarrollo de comunidades indígenas y campesinas.
De acuerdo con la información presentada entonces, el esquema consistía en cobros irregulares y desvíos de fondos asignados a proyectos productivos, lo que afectó directamente a beneficiarios que no recibieron las obras o programas comprometidos. Las investigaciones derivaron en procesos penales contra técnicos y exautoridades, además de auditorías que evidenciaron graves irregularidades administrativas.
El caso del Fondo Indígena generó un amplio debate nacional sobre el control del uso de recursos públicos y la responsabilidad de las instancias encargadas de fiscalización. Asimismo, motivó reformas en los mecanismos de supervisión y mayor seguimiento a los programas financiados con fondos estatales.
A más de una década de los hechos, el tema sigue siendo citado como un referente de la necesidad de transparencia, control y sanción frente a actos de corrupción en la administración pública.
